O Instituto Politécnico de Beja é um dos parceiros do novo Centro de Excelência para a inovação pedagógica no Ensino Superior, inserido no projeto SAPIEN. Ao lado de dois politécnicos e seis universidades, o IPBeja integra um protocolo que promove a inovação pedagógica no ensino superior, liderado pela Universidade Nova de Lisboa.
Ao consolidar as parcerias, as instituições comprometem-se a promover a inovação pedagógica, privilegiando as áreas não-tecnológicas, e a investir numa abordagem sistémica que garanta práticas inovadoras eficientes, para a promoção de um ensino de qualidade.