A Quercus efectuou, neste ano de 2009, nalguns rios, barragens e ribeiras análises para conhecer a qualidade da água e fez uma comparação com dados que tinha de análises realizadas em 2008. No distrito de Beja o rio Mira, junto a Odemira, e o rio Sado, em Santa Margarida do Sado, foram os que tiveram pior nota tanto em 2008 como em 2009 já que a qualidade da água foi classificada como “má”. Na barragem do Monte da Rocha, no concelho de Ourique passou, de "razoável" em 2008 para "boa" em 2009. A água do rio Guadiana, na zona de Serpa, passou de ”boa” em 2008 para ”excelente” em 2009. A Quercus também analisou a água da ribeira do Vidigão, em Vila Verde de Ficalho e aqui os dados não são animadores a qualidade da água passou de "razoável" para "má".